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南师附中的办学起点是1902年张之洞奏设的三江师范学堂,1906年更名为两江师范学堂附属中学堂。此后学校数度更名:1915年为南京高等师范学校附属中学,1923年改称国立东南大学附属中学,1928年5月更名为国立中央大学实验学校(简称"中大实校",包含幼稚园、小学、初中、高中四部)。抗战时期学校辗转安徽屯溪、湖南长沙、贵州贵阳马鞍山办学;1941年与重庆青木关国立第十四中学互换校名,1942年于沙坪坝增设分校。1946年三校合并迁回南京三牌楼,1949年8月改称国立南京大学附属中学,1952年更名为南京师范学院附属中学,1968年一度改称南京市鲁迅中学,1978年恢复南京师范学院附属中学旧名,1984年定名为南京师范大学附属中学,沿用至今。
学校曾十易校名、七迁校址,至今已有120余年历史。在南高、东大附中时期,学校是中国中学教育科学化试验的中心,率先开展"六三三"新学制实验、道尔顿制实验、学习心理实验等,奠基了中国现代中学的学制、课程与教法,被视为"中国现代中学的鼻祖"。
学校校本部现为完全高中,校训"嚼得菜根,做得大事"由1905年两江师范学堂附中时期校长李瑞清提出;校风为"诚·朴·雄·伟"。1946年由国学大师柳诒徵作词的校歌以"社会中坚,学校栽成众"开篇。学校占地70475平方米,目前按察哈尔路校区、晓庄校区、科学高中(原奥南校区)一校三区一体化办学格局发展,其中奥南校区于2022年9月启用,晓庄校区于2025年秋季入学时启用。
校本部设普高69个班(含空军青少年航空学校班级)以及国际部9个班,学生总数3401人,其中普高3177人、国际部224人。在编在岗教职工342人,专任教师333人。校本部高中部的发展史上有过初中阶段:1999年撤销原初中部,并于2001年创建南京树人国际学校承担初中办学职能。
学校形成了"慎聘良师、锐意实验、校风诚朴、善育英才"的办学特色。专任教师中,特级教师、正高级教师、省市名师工作室主持人等覆盖所有学科,"学术型"好教师团队入选江苏省"四有"好教师省级重点培育团队。学校课程体系注重拔尖创新人才培养,先后成为北京大学数学后备人才基地、清华大学基础学科拔尖创新人才大学中学衔接培养基地、中国科学院大学菁英人才共育基地,以及上海交通大学、复旦大学、南京大学等高校的拔尖人才培养基地。2006年成为IB国际文凭项目学校之一,2015年成为全国首批16所空军青少年航空学校之一。
初中不是校本部的办学层次,而由南师附中办学联合体承担。学校通过区校合作、跨区域合作等方式发挥优质教育资源辐射作用,目前联合体办学覆盖南京市鼓楼、建邺、秦淮、栖霞、江宁、高淳、雨花台、江北新区及宿迁市宿城区,先后创办了南京师范大学附属中学新城初级中学(2005年)、南京师范大学附属中学仙林学校(2012年)、南京师范大学附属中学实验初级中学(2019年8月纳入联合体)等公办初中。其中2014年7月创办的南师附中新城初级中学怡康街分校与附中本部及新城集团兄弟学校实施科研一体化管理;南师附中实验初中始建于1962年,是南京市教育局直属管理的公办初中,2019年纳入联合体后秉承附中校训校风,对接附中"菁英教育"理念。
学校是首批国家级示范高中、教育部基础教育改革实验基地、普通高中新课程新教材实施国家级示范校、首批全国中小学科学教育实验校、全国依法治校示范校、全国国防教育示范学校、首批全国健康学校建设单位、全国十佳科技教育创新学校、世界顶尖中学联盟学校,2018年6月加入中国卓越高中联盟,2019年入选江苏省首批高品质示范高中建设计划,2021年获评江苏省先进基层党组织。
120余年来,校友中走出了文学家巴金、胡风,科学家严济慈、袁隆平、刘永坦、邓中翰,以及顾作霖、汪道涵、彭珮云等政治家和社会活动家,共有58位院士、30余位将军。1948年2月至1949年4月,"杂交水稻之父"袁隆平曾在中央大学附中读高中,校园里至今保留有袁隆平的雕像。
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