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学校创办于1976年8月,由联合国教科文组织亚太地区基础教育专家李夜光先生出任首任校长,是南京市教育局在十年动乱结束后首批确定重点办好的28所六年制完全中学之一。建校初期,初一新生15个教学班曾在马台街、丁家桥、三牌楼、南昌路、工人新村五所小学借地上课,1977年校本部教学楼落成后回校上课。1983年兴建建筑面积约15000平方米的教学实验大楼,1997年完成教学楼翻建,同年获确认为南京市重点中学与江苏省德育先进学校;1999年9月新建塑胶操场及200米跑道。
1999年6月,因鼓楼区教育局布局调整,原十六中校舍及78位教师并入学校,原十六中校址设为分部,2003年分部迁至原模范马路小学校址。2005年3月,学校与二中、八中整合组建为南京田家炳高级中学(南京工业大学附属中学)。2006年7月,鼓楼区再次调整布局,五十中校区与八中校区合并为完全独立的南京工业大学附属中学。2010年7月,两校恢复独立办学,南京工业大学附属中学(五十中校区)更名为南京市第五十中学(南京工业大学附属中学)。
学校一校两址,本部位于南京市鼓楼区司背后12号,分部位于钟阜路10—1号,邮政编码210003。校园占地面积15290平方米,建筑面积16690平方米。截至2018年,学校设有38个教学班,在校学生近1600名,在职员工320余名。
学校倡导"尊重教育"的办学理念,校训为"慎思笃行",校风为"文明、守纪、和谐、进取",教风为"敬业、爱生、严谨、务实",学风为"勤学、善思、求实、创新",构建"精进"的学校精神。培养目标为将学生培养成为德、智、体、美等方面全面发展、具有健全人格、勇于服务社会的人。
学校先后获得的主要荣誉包括:江苏省智慧校园示范校、江苏省健康促进学校、江苏省体育特色学校(乒乓球)、江苏省教育科研基地学校、南京市教育现代化初中、南京市中小学教育装备绩效管理示范学校、南京市依法治校示范学校、南京市体育工作先进学校、南京市青奥示范学校、南京市星光基地学校、南京市文明单位,以及全国青少年集邮活动示范基地等。
2023年,陈群同志任南京市第五十中学校长。
学校本部位于新模范马路司背后12号,可乘坐32路、45路、74路、83路、114路、162路、D1路等公交线路至司背后站,或乘坐95路、303路至马台街站到达。
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