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学校前身是1896年由美国基督教传教士赖瑛(Miss Lyon)女士创办的金陵基督女书院,初址在南京保泰街35号。1927年,金陵基督女书院更名为"南京市私立中华女子中学"。1952年,中华女中与私立鼓楼中学(含原江南中学、光明中学)及南京市立第二初级中学合并,在鼓楼街83号成立南京市第十一中学。1960年4月,经南京市教育局、南京大学与十一中协商,正式更名为"南京大学附属中学";1968年11月一度恢复原名,1989年5月12日复称"南京大学附属中学"并沿用至今。1997年4月被评为南京市重点中学,2002年5月被评为江苏省重点中学,2004年被转评为江苏省三星级普通高中,2025年3月晋升为江苏省四星级普通高中。
学校现为一校三址三部布局,主管部门为南京市鼓楼区教育局:鼓楼街校区(鼓楼街83号,高中部、国际部本部)毗邻鼓楼广场,与南京大学隔路相望;青岛路校区(青岛路32号)为初中部所在地;傅佐路校区(傅佐路19号)为国际部分部。学校为公办完全中学,设初中部、高中部、国际部,现任校长为越红东,党委书记为李海燕。
学校秉承"弘毅励学、厚德载物"校训,与南京大学开展深度合作:共建"南大强化班""南大科创班""南大基地班",聘任南大物理学院教授担任科学副校长,开设"南大讲堂""南大学长说"等品牌项目。河海大学、南京林业大学、南京审计大学、南通大学等多所高校在校签约授牌"优质生源基地"。学校还开发了楹联文化课程、科技课程、国际课程等特色课程,在无线电测向领域被评为全国无线电测向先进集体,并曾被命名为国家教委"心理教育实验学校"。
学校高考成绩持续攀升,被誉为"神奇的推进":连续13年荣获南京市高中教育发展性评估全部大奖,2017—2024年连续七次荣获含金量最高的"质量突出奖",2025年再获最高奖"办学卓越奖",多名毕业生被上海交通大学、厦门大学、河海大学、南京师范大学、苏州大学等双一流高校录取。2004年创办中加国际高中,拥有中加OSSD课程、牛剑AQA课程、国际艺术课程,2024届毕业生世界百强名校录取率超80%。
百卅办学,学校培养出一批在各领域有突出贡献的校友,包括中国工程院院士钱正英,中国第一位电子学女博士、中国工程院首批院士韦钰,曾任教育部副部长、联合国教科文组织主席章新胜,国际宇航科学院院士肖佐、濮祖荫,中国科学院院士田刚,联合国国际信息科学院院士张杰,中国书法家协会主席孙晓云,北京冬奥会吉祥物"冰墩墩"设计团队负责人曹雪教授,西安翻译学院校长丁祖诒等。
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