


学校创建于1956年,前身为铜陵路小学。1970年附设初中班,1975年正式更名为合肥市第三十九中学。1996年校园初建,此后陆续建成5层实验楼;2010年修建200米塑胶跑道,校安工程对教学楼与综合楼进行了加固,2021年8月跑道再次改造竣工。
2012年8月,学校与合肥市第三十八中学整合,更名为合肥市第三十八中学南陵路分校,同年启动"《论语》诵读"活动。2017年10月,为促进学校发展,恢复合肥市第三十九中学为独立法人校,仍属于合肥市第三十八中学办学集团。
教育教学设备包括两个微机室(共128台"联想"品牌电脑)、64座语音室、180座多媒体教室,以及物理实验室、化学通风实验室和标准生物实验室,另设标准心理咨询室。图书馆藏书4万余册,设有教师阅览室、学生阅览室和多功能活动室各一个。体育场地为200米塑胶田径场地,学生每日早晨进行统一跑操锻炼。
校园地处合肥东门五里井一带,附近有花冲公园,周边公交站包括小高炉、铜陵新村北、铜江路口、五里井等,可换乘154路、130路、7路、706路等线路。
学校自2002年正式启动心理健康教育工作,形成"树人先树德,育人先育心"的办学理念,提出"培养乐观向上的心理、塑造健康完美人格"的培养目标。2007年,学校省级立项课题《初中学生心理健康教育的实践和探究》通过省教科所验收,并获第六届安徽省教育科学研究优秀成果二等奖。2008年5月,学校挂牌成为安徽中医学院应用心理学专业实习基地,同时开通"中学心理咨询网",同年当选全国中小学心理健康教育理事会常务理事学校。2011年被评为合肥市特色初中。2008年底,学校被认定为瑶海区特色初中。学校现为全国中学生心理健康教育常务理事单位。
女子手球是学校的体育传统项目,曾多次代表安徽省参加全国中学生手球联赛,并获得国家、省、市级名次。学校同时是全国中小学校园足球布点学校。
学校先后获得合肥市文明单位、合肥市绿色学校、安全文明校园、花园式学校、卫生先进单位、市民文明学校、优秀中学生团校等称号,校党支部获"合肥市先进基层党组织",校团委获"省红旗团委"。
学校办学宗旨为"为学生塑造美好人生,为社会培养有用人才"。近年学校提出"打造成长型思维示范校"的愿景、"让人人遇见更好的自己"的使命,坚持立德树人根本任务与五育融合育人。2024年4月,学校颁发第二届"青云"奖学金,该奖学金由合肥无限云信息科技有限公司捐赠设立。合肥市教育局2023年义务教育阶段学校名录显示,该校为瑶海区公办初级中学,办公电话为64499417,现任校长为王宏保。
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