


南京三中的历史可追溯至1902年(光绪二十八年)创建的"江宁府上元县高等小学"。1938年(一说1939年)更名为"私立南京正始中学"。1946年改为"南京市立第三中学",全国解放后正式确认为"南京市第三中学"。1966年一度更名为"红军中学",两年后恢复原名。
2004年,因初、高中分设,南京市第三中学高中部更名为"南京市第三高级中学"。2005年,学校被江苏省教育厅评为江苏省四星级普通高中。2011年4月,经南京市人民政府办公厅批准,南京三中与南京六中两所百年老校进行教育资源整合,成立新的南京市第三高级中学。2019年,因区域教育布局调整需要,南京市第三高级中学停止招生,原招生代码收回。2021年,学校高中部正式停办。
学校在办学历史中贯穿"治学做人"的理念,从四十年代正始中学的"格物致志、诚意、正心、修身、齐家、治国、平天下",到五十年代的"诚朴 友爱 勤学 向上",到八十年代"五有一和谐"的办学蓝图,再到九十年代的"教学生学会做人,教学生学会学习",一脉相承。校风为"诚朴 友爱 勤学 向上",教风为"爱生 严谨 求实 创新",学风为"勤奋 刻苦 善思 求精"。
人民教育家陶行知先生曾在学校担任多年校长。中国新闻网报道,陶行知于1923年起在南京三中前身学校亲任校长7年,其"爱满天下"的教育思想和"实"字校训被学校承传。2012年10月28日,学校举办110周年校庆。
学校女子排球队在世界中学生排球锦标赛中多次夺冠,被介绍为"名扬华夏、威震海内外"。2007年8月26日,在王龙老师主持下,中国内地学生首次与国际空间站宇航员实现"天地对话"。2014年,学校创设国际部,与美国利弗莫尔学校(LVCP)合作,成立美国利弗莫尔国际学校南京分校(LISN),引入美国高中课程。
学校曾先后获得国家、省、市级荣誉称号三十几项,并被评为江苏省模范学校。学校先后获"高中教学质量评估综合奖""高考质量一等奖""校长质量管理奖"等荣誉称号。
在合并办学期间,学校形成"一校两部四区"的格局:高中部东校区(原六中校区)为高一、高二办学点,位于白下路193号;高中部西校区(白下校区)为高三独立校区,位于白下路117号;初中文昌校区位于文昌巷63号;初中金銮校区位于金銮巷2号。
2019年,南京市第三高级中学停止高中招生。2021年,学校高中部正式停办,原白下路117号校舍移交南京市钟英中学,后成为钟英中学育英校区,原南京三中国际部亦改为南京市钟英中学国际部。
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